【你现在最关键的风险点】
当前最紧迫的风险在于公司已明确将生物识别信息采集与考勤结果直接挂钩，并以旷工为后果进行施压。你尚未录入信息，系统将自动记录为缺勤，进而影响绩效与工资发放。若公司据此作出扣薪、降薪或解除劳动合同的决定，你可能面临举证困难，因为系统记录的“缺勤”数据会形成初步证据链。此外，你拒绝录入的行为若被认定为“不服从管理”，公司可能援引内部规章制度进行纪律处分，而你若无法证明公司行为违法，将处于被动地位。因此，必须在不激化矛盾的前提下，通过合法程序固定自身权利主张，避免被单方认定为违纪。

【先把事实补齐（你需要再补充哪些信息）】
请立即核实并补充以下信息：第一，公司是否在考勤系统升级前以书面形式（如公告、通知、员工手册修订版）向全体员工告知生物识别信息采集的必要性、目的、使用范围及存储方式；第二，公司是否向你个人出具过单独的《生物信息采集同意书》或类似文件，且你是否在知情情况下签署；第三，公司是否在内部制度中明确将“未完成指纹与人脸录入”列为“旷工”或“严重违纪”情形，该制度是否经过民主程序（如职工代表大会讨论）并已公示；第四，你所在地区是否有地方性法规对生物识别信息的采集有特别规定（如某些城市对公共机构采集有严格限制）；第五，你是否曾以书面形式（邮件、书面申请）正式提出替代方案并被公司拒绝，该记录是否留存。

【证据清单（按优先级）】
首要证据是公司发布的关于考勤系统升级的正式通知文件，尤其是其中是否包含生物信息采集的法律依据或必要性说明。其次，你与HR沟通的记录，包括邮件、微信聊天截图、录音等，需证明你曾主动提出替代方案并被明确拒绝。第三，你所在公司现行的《员工手册》《考勤管理制度》或类似文件，重点查找其中关于“旷工认定”“违纪处理”“信息采集”等条款的原文。第四，你过去几个月的考勤记录，用于对比系统升级前后差异，证明你无缺勤历史。第五，若有其他同事已录入信息但未被强制要求，可收集其证言或系统界面截图，用于佐证公司执行标准不一。第六，如有公司内部群聊或会议纪要提及“必须录入”“否则按旷工处理”的内容，也应作为辅助证据。

【可执行路径（按时间顺序）】
第一步，在不主动激化矛盾的前提下，通过书面形式（如电子邮件）向HR部门再次提交正式申请，明确要求公司说明采集指纹和人脸信息的法律依据、必要性及数据安全措施，并重申你希望采用工牌刷卡或手机定位等非生物识别方式的替代方案。第二步，若公司拒绝书面答复，立即向公司工会（如有）或企业内部合规部门提交书面申诉，要求介入协调，并保留提交凭证。第三步，同步向公司人力资源部门书面申请查阅《员工手册》中关于考勤与信息采集的相关条款，并要求提供该制度制定的民主程序证明（如会议纪要、公示记录）。第四步，若公司仍坚持强制采集且未提供合法依据，可向当地劳动监察大队提交书面投诉，要求核查公司考勤制度的合法性与程序正当性。第五步，若后续公司以旷工为由扣薪或处罚，你应在收到处理决定后15日内向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁，主张公司行为违法并要求恢复工资、绩效及赔偿损失。

【容易踩的坑】
第一，切勿在未经准备的情况下直接拒绝录入，或在公开场合表达强烈反对，以免被公司认定为“对抗管理”，进而成为违纪处分的依据。第二，不要仅依赖口头沟通，所有与HR的交流必须保留书面记录，避免“口说无凭”。第三，切忌自行删除或篡改考勤系统数据，即使你认为系统记录错误，也应通过合法途径申诉，否则可能被认定为“破坏公司管理秩序”。第四，避免在社交媒体或同事间传播对公司不利的信息，以免被公司以“散布不实信息”为由追究责任。第五，不要认为“公司内部规定就是法律”，即使制度中写明“不录即旷工”，若该制度缺乏法律依据或未履行民主程序，仍可能被认定无效。

【一句话结论】
在公司未提供充分法律依据、未履行告知义务且未提供合理替代方案的情况下，你有权拒绝强制录入指纹和人脸信息，公司据此认定你旷工并扣薪的行为涉嫌违法，你可依法申请劳动仲裁维权，但必须通过书面形式固定证据并按程序推进。

不构成法律意见。